1. Включение Cron в 1С-Битрикс. 

Добавляем в файл /bitrix/php_interface/dbconn.php: 

if(!(defined("CHK_EVENT") && CHK_EVENT===true))
   define("BX_CRONTAB_SUPPORT", true);

Если в файле были строки, то их нужно удалить

define("BX_CRONTAB_SUPPORT", true);
define("BX_CRONTAB", true);

2. Создаем файл проверки агентов и рассылки системных сообщений /bitrix/php_interface/cron_events.php:

<?php
$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] = realpath(dirname(__FILE__)."/../..");
$DOCUMENT_ROOT = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"];

define("NO_KEEP_STATISTIC", true);
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS",true);
define('BX_NO_ACCELERATOR_RESET', true);
define('CHK_EVENT', true);
define('BX_WITH_ON_AFTER_EPILOG', true);

require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");

@set_time_limit(0);
@ignore_user_abort(true);

CAgent::CheckAgents();
define("BX_CRONTAB_SUPPORT", true);
define("BX_CRONTAB", true);
CEvent::CheckEvents();

if(CModule::IncludeModule('sender'))
{
    \Bitrix\Sender\MailingManager::checkPeriod(false);
    \Bitrix\Sender\MailingManager::checkSend();
}

require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/modules/main/tools/backup.php");
CMain::FinalActions();
?>

3. Добавляем в планировщик CRON скрипт:

/opt/php74/bin/php -f /var/www/*********.ru/data/www/*********.ru/bitrix/php_interface/cron_events.php

Вариант для запуска скрипта с такой же конфигурацией PHP как у самого сайта:

/opt/php74/bin/php -c /var/www/***********.ru/data/php-bin-isp-php74/php.ini -f /var/www/**********.ru/data/www/**********.ru/bitrix/php_interface/cron_events.php

Расписание в экспертном режиме:

 *
 Минуты
 *
 Часы
 *
 Дни месяцев
 *
 Месяцы
 *
 Дни недели

Поставить галочку "Не отправлять отчет по e-mail"

4. Проверка

Делаем тестовую отправку письма, например, "заказ в 1 клик" или "заказ обратного звонка"
Запускаем проверку системы «Настройки > Инструменты > Проверка системы»

Результатом должно быть:

Выполнение агентов на cron — Успешно
Проверка на наличие неотправленных сообщений — Успешно